La Universidad Nacional de Entre Ríos fue creada por Ley Nº 20.366, de mayo de 1973 y consistió en la aglutinación, bajo un mismo rectorado, de una serie de unidades académicas preexistentes que dependían de diversas jurisdicciones (Universidad del Litoral, Universidad Católica Argentina) más otras que se crearon conjuntamente con la Universidad.
Fue una de las dieciséis universidades creadas entre mayo de 1971 y mayo de 1973 por el entonces Gobierno de Facto del Gral Lanusse, que asumió las ideas del Plan Taquini. En la conciencia de los actores institucionales, la creación de la Universidad Nacional de Entre Ríos ocurrió como resultado de una demanda histórica y reivindicativa de la población de la provincia, dado los numerosos antecedentes e iniciativas impulsadas previamente para la cristalización de este objetivo.
En el breve período democrático sucedido desde el 1973, se designa al Dr. Marsiglia como Rector Normalizador (noviembre del 73). En su gestión se tomaron las definiciones que dieron inicio al funcionamiento de la Universidad como tal: la localización del Rectorado y la incorporación formal de las unidades académicas provenientes de la UNL, Facultad de Ciencias de la Educación, la Facultad de Ciencias Agropecuarias, Escuela de Técnicos en Alimentos y Escuela de Ciencias de la Administración.
En 1976 se incorporan a la UNER, la Facultad de Ciencias Económicas y la Facultad de Ingeniería, dependientes ambas de la Universidad Católica Argentina y la Escuela Superior de Bromatología.
Con el golpe militar de 1976 se profundiza la política universitaria iniciada por la llamada «Misión Ivanissevich», en referencia al Ministro de Educación del Gobierno de Perón, de viraje hacia el desmantelamiento del pensamiento científico crítico, contemporánea con las primeras formas de terrorismo de estado. El clima represivo que dominará la vida de las casas de altos estudios hasta 1983. Se sanciona la ley Nº 21276 que significó, en el caso de las universidades nacionales, la intervención directa del gobierno militar a través de los rectores interventores, el estricto control ideológico, político, educativo y cultural que ya se había iniciado en 1974. Durante este período se procedió a reemplazar el logotipo que hasta ese entonces identificaba a la Universidad Nacional de Entre Ríos por otro que sintetizaba gráficamente los criterios básicos que orientaron su gestión: desprecio por la democracia, ejercicio del control ideológico y de la represión, fuertes vínculos con los sectores integristas del catolicismo, desconexión de la investigación científica o tecnológica.
Durante este dramático período de la historia argentina se persiguieron, reprimieron, desaparecieron y se cesantearon docentes y estudiantes.
También se produjo una reducción súbita del financiamiento universitario, no se crearon nuevas carreras ni universidades y se desvinculó la política científica de este ámbito.
Retorno a la Democracia
En la historia universitaria se inauguró un período de cambio que, aunque no era inédito, en cierta forma intentaba reactualizar los postulados de la Reforma Universitaria de 1918.
A tan sólo dos días de asumir el gobierno, el entonces presidente electo Dr. Alfonsín, impulsó acciones tendientes al restablecimiento de la autonomía y el cogobierno de las Universidades Nacionales. Con ello se pretendía regularizar la propuesta educativa mediante concursos, democratizar la vida política interna y restablecer los claustros con el régimen de gobierno tripartito.
La normalización de las casas de estudios mediante el ejercicio de libertades democráticas, contribuyó a estimular una débil inmigración por la que retornaron algunos académicos de prestigio. Aunque la política de reinserción de los emigrados no alcanzó el éxito que de ella se esperaba, la renovación educativa corrió pareja con la reincorporación al sistema tecnológico y científico de quienes habían sido desplazados, de aquellos que habían logrado optar por una formación en el exterior o, por último, de quienes habían sobrevivido a las condiciones de desmantelamiento intelectual.
El ingreso irrestricto constituyó otro pilar de la política oficial, lo que provocó un verdadero estallido de la matrícula y obligó al gobierno a crear condiciones de infraestructura más adecuadas. En esa coyuntura, las demandas postergadas de la población enfrentaron a las universidades tradicionales con los desafíos de la masividad de la enseñanza. Este fuerte crecimiento de la matrícula determinó un incremento significativo del personal docente y una expansión de las inversiones en construcción y equipamiento.
El primer cogobierno
Durante el período de la normalización universitaria iniciado con el advenimiento de la recuperada democracia, en diciembre de 1983, le cupo al Dr. Eduardo Barbagelata la tarea de reorganizar la UNIVERSIDAD NACIONAL DE ENTRE RÍOS, hasta lograr su pleno funcionamiento con su gobierno propio de carácter tripartito, compartido por los representantes de los docentes, los estudiantes y los graduados.
Durante su gestión se realizaron los primeros concursos para la designación de los profesores de las distintas facultades, se organizaron los padrones de estudiantes y de graduados, y se aprobaron en el Consejo Superior Provisorio las normas estatutarias que enmarcaron las primeras elecciones democráticas. En los comienzos de 1986, por primera vez en veinte años, las autoridades fueron elegidas en Asambleas de los tres claustros. Surgieron así los consejos directivos y decanos de cada Facultad.
Finalmente, el 26 de abril de 1986 se reunió en el histórico Colegio de Concepción del Uruguay la primera Asamblea Universitaria en la historia de la UNIVERSIDAD NACIONAL DE ENTRE RÍOS, que eligió a su primer Rector, designación que correspondió al Dr. Eduardo Alberto Barbagelata.
Desde entonces la Universidad es gobernada por autoridades democráticamente elegidas, a través de sus órganos de gobierno
